男科检查的主要生理功能有解剖功能、运输功能和分泌功能，其中*主要的是分泌男科检查液的功能。
(1)解剖功能：男科检查包绕男科检查部尿道，包括尿道内括约肌，受交感神经纤维控制，当男科检查平滑肌收缩时，男科检查部尿道紧闭，防止尿液排出及精液逆流。
(2)运输功能：男科检查由肌纤维和腺体组织构成，在交感神经作用下，男科检查内平滑肌收缩，将精囊和输精管中的内容物(精囊液与精子)经射精管输入男科检查部尿道。
(3)分泌功能：男科检查液构成精液的一部分，是精子的溶媒，使精液保持正常的理化性质，并营养精子。男科检查液中含有许多生物学特性物质，如男科检查酸性磷酸酶(PNP)，男科检查特异性抗原(PSA)，免疫球蛋白，生长因子，锌、钙、钾离子，氨基酸，枸橼酸等，虽含量甚微，但在受孕过程中却起重要作用。
男科检查特异性抗原(PSA)是一种丝氨酸蛋白酶，由男科检查各区的导管及腺泡分泌。PSA主要作用可能是阻止精液液化。目前在临床上称为男科检查“特异性”抗原，并作为诊断男科检查癌的重要参考指标之一。 但PSA有较高的灵敏性，对男科检查的任何方式的刺激，如指压按摩、经直肠超声挤压等均可造成PSA值升高，故其假阳性率较高。男科专家认为男科检查癌、男科检查增生及男科检查炎患者血液中PSA值均可升高，应结合临床综合分析和随访观察，才有诊断价值。 酸性磷酸酶(PNP)由男科检查腺细胞分泌，并随年龄增加而增高。血清PNP测定，有助于男科检查癌的鉴别诊断，但也容易受外源因素的影响而出现假阳性。 锌存在于男科检查上皮细胞中，是男科检查液中重要的离子成分，其生理功能可能与男科检查有关，锌在精液中与白蛋白结合，在精子表面形成保护膜，使精子能进行正常的新陈代谢。锌缺乏可能引起男性不育。
男科检查另一个重要的内分泌功能是分泌5a一还原酶，由男科检查细胞分泌，然后进入小叶。5a一还原酶的主要功能是将睾丸分泌的睾酮还原成二氢睾酮，后者具有很强的生理活性。男科检查增生与二氢睾酮的含量增高有关。
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